吳奇隆出生於臺灣臺北市、家中還有一個哥哥和一個弟弟。吳奇隆曾經就讀於思賢國小、新泰國中、以及臺中體專,最後畢業於輔仁大學體育系。
1988年夏天吳奇隆被音樂公司開麗唱片發掘。當時吳奇隆利用學校放暑假的機會回到臺北家中回台北過暑假,並在同學的慫恿之下決定去擺地攤。開麗唱片的一名經紀人在觀察吳奇隆三天之後打電話邀請他去試鏡,但是卻被吳奇隆拒絕。因此開麗唱片轉向游說吳奇隆的母親、每天電話聊天。最後吳奇隆的母親被說動了、強迫吳奇隆去參加試鏡。
試鏡當天每個人都要表演一段一分半鐘的舞蹈,而從沒有舞蹈基礎的吳奇隆並沒有準備。吳奇隆只好跟別人借音樂帶並模仿其他競爭者。最後吳奇隆藉著姿勢美妙的後空翻獲得評審的青睞、與蘇有朋和陳志朋組成「小虎隊」。小虎隊第一次在電視亮相時表演張國榮名曲《拒絕再玩》,並在綜藝節目《青春大對抗》節目中擔任節目助理。