英文片名:INFERNAL AFFAIRS 2

1991年，倪氏家族當時穩坐香港的黑幫龍頭位置，旗下有五大頭目控制了不同的地區，但龍頭倪坤突然被槍殺，掀起了驚心動魄的江湖鬥爭。當晚，四大頭目看準倪家必定大亂，均欲伺機背叛發難，只有新晉的韓琛(曾志偉 飾)一人仍忠於倪家，因他深信因果循環。重案組督察黃志誠(黃秋生 飾)及陸啟昌(胡軍 飾)亦緊密步署防範，三方一觸即發，一場大屠殺似乎在所難免。

倪家第二代倪永孝(吳鎮宇 飾)是個毫不起眼的會計師，但城府極深，誰也想不到竟憑他一己之力，不費一兵一卒便牽制住四大頭目，成為新任龍頭。黃志誠對他起了戒心，施計讓警校生陳永仁(余文樂 飾) 退學...滲入倪家進行長期的臥底計劃，陸啟昌得悉仁為倪永孝的同父異母兄弟，對好友的決定極力反對，但黃仍一意孤行，仁展開任務，遇上韓琛手下傻強(杜汶澤 飾)，二人不打不相識。另一方面，韓琛為鞏固勢力，亦早已安排手下劉建明(陳冠希 飾)考進警察部通風報信。

三年後，陳永仁取得倪永孝的信任，在家族中任居要職；劉建明亦憑韓琛提供的情報在警隊扶搖直上，對韓琛女友Mary (劉嘉玲 飾)亦漸生情愫；倪永孝事業一帆風順，社會地位日漸提高，野心勃勃的他決定將五大頭目一舉殲滅，令自己安枕無憂。一夜之間，曾經背叛家族的四大頭目同時被殺，韓琛亦在泰國受襲下落不明，霎時全城一片腥風血雨，驚心動魄。

倪永孝查到其父當年被殺的證據，原來Mary為扶助韓琛上位，竟與警方的黃志誠串通策劃暗殺倪父，劉建明得悉Mary有殺身之禍，及時將她救走，明趁機表白愛意，但不為Mary所接受，其後更親眼目睹Mary被殺。另一方面，黃志誠亦成為倪永孝暗殺目標，但陸啟昌卻陰差陽錯成為替死鬼，黃痛失好友，更被警隊內部調查倪坤被殺一事，決意向倪永孝反擊。

1997年，韓琛重出江湖，原來當年他在槍口下逃過大難，一直與傻強等人潛伏於泰國清邁。黃志誠找到琛，二人尋求合作，韓琛答應作為污點證人回港指證倪當年所犯罪行，令倪社會地位一夜崩潰，各方再度激烈交鋒，陳永仁及劉建明亦因而被逼重拾臥底身份。

韓琛經泰國一役已性情大變，比倪永孝更不受控，黃志誠知大錯已成，唯望未來可拘捕韓琛，親手解除自己種下的禍根。陳永仁繼續不見天日的臥底工作，更因而與多年女友May (傅嘉莉 飾)鬧翻，黯然分手；而劉建明則重新受控於韓琛，卻遇上失戀鬧事的少女Mary (趙頌茹 飾)，這個名字令他陷進回憶。此時正值香港回歸，新時代經已來臨，然而四人也在無間道中越行越遠…