李啟源畢業於國立政治大學心理學系,在美國加州大學洛杉磯分校(UCLA)攻讀心理學博士時,轉唸電影導演,擁有UCLA心理學碩士,以及巴沙迪納藝術中心設計學院(Art Center College of Design)電影碩士學位。他的文學作品曾獲得【中外文學】現代詩首獎、及【中國時報】副刊文學獎、【聯合報】副刊文學獎、【梁實秋文學獎】等各大文學獎項的肯定,電影劇本作品獲得四次新聞局優良劇本獎。
1997年首度執導的劇情長片《颱風紀念日》,榮獲美國休士頓國際影展新導演銀座獎、Dances with Films獨立影展最佳攝影獎。2005年完成以青少年街舞為題材的《巧克力重擊》,入圍包括東京等多項國際影展,並於2006年獲邀英國倫敦,接受英國國家廣播公司BBC專訪。
2008年的《亂青春》,邀請荷蘭攝影師、日本作曲家共同參與,以青春期女孩間的情感為題,獲得德國曼漢姆影展評審團特別讚譽大獎。德國第一電視台SWR,並製作15分鐘《李啟源x亂青春》專輯於德國公共電視頻道播出。2009年獲邀擔任政大駐校藝術家,期間完成電影劇本《河豚》,2011年推出電影《河豚》,入圍波蘭華沙國際影展競賽片等多國影展,並奪得瑞士日內瓦國際影展國際影評人費比西獎與發行獎。
2013年籌備案《飛哥探戈》(後改名《盜命師》)獲高雄華文原創故事編劇駐市計畫、文化部劇本開發補助,並入圍金馬創投。2014年受邀台北藝術節開幕,執導音樂劇《純情天婦羅》。2015年電影企畫案《盜命師》獲得文化部國產電影長片多元內容組最高輔導金額。