求學期間重要的作品有批判世新校園軍歌比賽的【軍歌物語】、1989年天安門事件批判台灣恐共聲援的【傷口的歷史】、1990年紀錄台灣有史以來最大的學生運動的【憤怒的野百合】,也因為【傷口的歷史】的關係,與台灣的旅美女導演鄭淑麗合作了【歷史如何成為傷口】,【傷口的歷史】並獲得1990年的金穗獎,學生時期的洪智育已是當年重要的紀錄片工作者之一。
1990年完成第一部劇情短片【凋蓮】,並於1991年以本片再獲一座金穗獎。1992年八月退伍後,侯孝賢的【戲夢人生】一名助理導演離職,還想在家休息的洪智育就這樣踏入了電影圈,並於影片後製期間擔任剪接大師廖慶松先生的助理,學習電影剪接的工作。1993年再度回到片場擔任吳念真第一部電影【多桑】的助理導演,追隨師父廖慶松也參與【多桑】的後製工作,就這樣開始往返於片場與剪接室之間,也奠定了洪智育紮實的實務經歷。
1994年侯孝賢導演大膽拔昇只有兩部電影經驗的洪智育,為其新片【好男好女】的副導演,接下來他在1995年侯孝賢的【南國再見,南國】和吳念真的【太平天國】亦擔任副導演。1996年起,洪智育也開始幫電視台製作紀錄性節目,其最重要的電視創作為1997至1998年期間,應葛福鴻小姐之邀,與著名白色恐怖研究作家藍博洲一起合作紀錄台灣白色恐怖歷史的「台灣思想起」,任節目導演兼攝影、剪接,以精緻的製作與強烈的影像風格,讓如此嚴肅冷門的節目依然受到觀眾肯定,曾創下同時段全國第二名SRT1.05的高收視率。
1998年結束在TVBS階段性的任務,繼續返回電影圈,先後參與萬仁導演的【超級公民】、林靖傑導演的【惡女列傳】任副導演工作。1999年獲得500萬電影輔導金,籌拍自己的第一部35厘米劇情長片【純屬意外】,正式邁入電影導演生涯。2000年5月【純屬意外】誕生,並於11月代表台灣參加亞太影展。
因為對於電影的喜愛與執著,與長期在電影圈的專業被肯定。在擔任導演後依然願屈就於副手的位置,為台灣電影盡最大的力量。2001年協助劉德凱拍攝其第一部電影作品【停車暫借問】(周迅 張信哲 主演),2002年應好友戴立忍之邀,重做馮婦擔任處女作電影【台北晚九朝五】第一副導演。2006年為了導演林靖傑的第一部劇情長片【最遙遠的距離】,再一次擔任副導演為好朋友掌舵。在2008年執導第二部劇情長片【一八九五 】。