美國加州大學設計學士、日本大學藝術學部影像藝術研究所碩士,主修電影。1992年王毓雅於美國獲得學士學位後回到台灣,先是進入廣告公司擔任製片、美術、導演等職務,之後前往香港投入非線性後製部門負責剪輯(A.V.I.D. Editor),亦曾在當地好鏡頭國際廣告公司(Hong Kong Film Co.)擔任製片。
1995年王毓雅前往日本,一方面在日本大學藝術學部深造,另一方面利用課餘在日本朝日電視台兼職擔任廣告製片統籌,在廣告製片上的經驗豐富。1996至97年間,王毓雅在完成《小凡入世》、《大河小渡》等作品後學成返台,進入緯來體育台擔任NBA、瓊斯盃等體育節目編導。之後在進一步觀察台灣現今電影市場後,王毓雅認為台灣電影長期以來曲高和寡,終將走入死胡同,因此糅合進商業元素,於1999年開拍個人第一部劇情長片《蛋》。
2001年拍攝兩部數位電影《雙面情人》與《海水正藍》﹔2002年拍攝台視數位偶像劇「再見螢火蟲」等﹔2003年與北京青年電影製片廠及北京博納文化交流公司合作拍攝喜劇動作片《空手道少女組》,由中港台人氣紅星主演,同年8月籌備拍攝飛躍情海三部曲之第一部《飛躍情海》,此片並獲得日本福岡影展評審團大獎以及金馬獎最佳女主角提名。
台灣電影蕭條,王毓雅卻不受環境影響,能找到足夠資金,2004年更是一口氣完成《終極西門》、《浮生若夢》、《虎姑婆》、《愛與勇氣》4部新片,將由騰達影業發行﹔雖然評價飽受爭議,但是王毓雅可謂目前國內商業電影中,除了朱延平之外的第二個屬於量產型、並且拍片計畫不斷的導演。