英文片名:20th Century Boys: The Last Chapter - Our Flag

時間是朋友曆3年，就是西元的2017年，這時全世界都由「朋友」統領，病毒肆虐的東京已經被隔離，四周都是高牆、人人都受到監視。「朋友」又公佈另一個預言：「8月20日中午，人類將遭到外星人毀滅，只有相信我的人才能活下來。」，此外「賢知一派」的友人都已經轉入地下活動。義常建立組織，神乃則離開義常，組成更軍事化的團體，準備發動武裝革命，她決定不顧養母雪次的反對，投身反「朋友」的活動。

丸夫偽造身分，如今是巨星歌手春波夫的經理，他首先找到貴理子與同學會後便失蹤的青蛙仔，阿區溜到東京尋找神乃。神乃為了揪出「朋友」，計畫組織軍隊，然而這個魯莽行動可能會導致所有人死亡，為了阻止神乃，阿區請電台播放賢知的新歌。在隔離東京的高牆外，有人試圖闖關，他帶著吉他自稱矢吹丈，口中喃喃表示：「我要見神乃。」。賢知還活著嗎？「朋友」對8月20日又有何計劃？「朋友」的真面目究竟是誰呢？